QUTEMOL

Pada pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya adalah aplikasi qutemol.

Qutemol merupakan salah satu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.

Aplikasi  ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas  sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.

1. Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini  dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:

2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.

 

3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H₂O.pdb 

 

4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.

keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1' .

 

6. Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’. 

 

7. Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya. 

 

 8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini. 

 

9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png. Semoga bermanfaat, selamat mencoba! 

Cara-cara Install Aplikasi Linux

Menginstal aplikasi di Ubuntu memang susah-susah gampang tidak seperti di Windows yang cara instalnya hanya double click file *.exe. Cara instal aplikasi di Ubuntu ada yang harus terhubung dengan internet ada yang tidak harus terhubung dengan internet tapi harus download file installer dengan ekstensi *.deb. Tapi masalahnya adalah aplikasi yang installernya *.deb cenderung sedikit.

Berikut ini ada dua cara menginstal aplikasi di Ubuntu yang saya ketahui.

1. Jika Terhubung ke Internet (Online)

Cara ini digunakan jika Ubuntu kita terhubung dengan internet. Cara ini cenderung lebih mudah dan aplikasi yang tersedia lebih lengkap. sebelum menginstal, terlebih dahulu kita harus mengatur repositori kita ke repositori lokal Indonesia agar koneksinya lebih cepat. Ikuti langkah-langkah mengubah repositori berikut ini:

• Buka Ubuntu Software Center, Klik Menu Edit -> Software Sources...

Pada bagian Download From: pilih Other lalu pilih salah satu server repositori dari Indonesia,misalnya kambing.ui.ac.id

Setelah itu klik tombol Close

Update repositori dengan cara buka terminal lalu ketik sudo apt-get update dan tekan Enter, masukkan password Ubuntu Anda lalu tunggu beberapa saat hingga proses selesai.

Nah setelah di update kita tinggal pilih aplikasi yang akan kita Install, cara instalasi aplikasi di Ubuntu dengan cara online ini ada 2 cara yang saya ketahui yaitu dengan Terminal atau dengan Ubuntu Software Center, berikut ini caranya.

Menggunakan Terminal
Jika menggunakan cara ini berarti Anda harus tau nama aplikasi yang akan diinstal

Buka terminal (Ctrl+Alt+T) lalu ketik sudo apt-get install nama Aplikasinya

Tunggu beberapa saat hingga proses instalasi selesai.

Menggunakan Ubuntu Software Center
Cara ini cenderung lebih mudah bila dibandingkan dengan cara Terminal karena kita dapat mencari dan memilih aplikasi secara langsung. berikut ini adalah caranya:

Buka Ubuntu Software Center lalu pilih aplikasi yang akan diinstal, Anda dapat memilih aplikasi di menu kategori di bagian samping kiri

Pilih aplikasi yang akan diinstal lalu klik tombol Install

Tunggu beberapa saat hingga aplikasi tersebut terinstal di komputer Anda.

2. Jika Tidak Terhubung ke Internet (Offline)
Dengan cara ini kita tidak perlu mengatur repositori karena cara instalasinya mudah, namun kesulitannya adalah sulitnya mencari installer program yang berekstensi *.deb. berikut ini caranya:

Double klik file *.deb yang sudah kita cari dan didownload dari internet.

Setelah itu, klik tombol Install, masukkan password jika dibutuhkan dan tunggu prosesnya hingga selesai.

http://sekedar-tutorial.blogspot.com/2012/11/cara-install-aplikasi-di-linux-ubuntu.html