GAMGI

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom. GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll Ini bertujuan untukmenjadi berguna untuk: masyarakat ilmiah bekerja di Pemodelan atomistik yang membutuhkan grafis antarmuka untuk membangun input data dan untuk melihat dan menganalisis data output, dihitung dengan Ab initio-dan Molekuler Mekanika program, komunitas ilmiah di bidang kimia belajar yang besar, fisika, ilmu material, geologi, dll, yang membutuhkan antarmuka grafis untuk melihat dan menganalisis atom struktur informasi dan untuk mempersiapkan gambar untuk presentasi di kelas dan seminar, mengajar kimia dan fisika di sekolah menengah dan perguruan tinggi, ilmu promosi di sekolah-sekolah, pameran dan museum ilmu pengetahuan.

Cara menggunakan GAMGI adalah sebagai berikut.

Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini:

Jangan khawatir tidak bisa menggunakan apliksai Gamgi, karena di dalam aplikasi ada menu tutorialnya. Untuk memunculkan menu tutorial adalah Klik Help-Tutorial, maka akan muncul

Nah saya mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:

Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl.

Untuk membuat cell maka kita harus klik cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Isi sesuai dengan tutorial   

Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:

Setelah saat Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih atom Na

 Tampilan yang akan muncul adalah seperti di bawah ini

Sekian tutorial mengenai Gamgi, Selamat mencoba:)

EASYCHEM

Easychem chemical structure editor adalah aplikasi untuk menggambar struktur 2D ikatan kimia. Instalasi bisa langsung lewat Ubuntu Software Center. Aplikasi ini sangat mudah digunakan, disediakan fungsi Help untuk format penulisan senyawa-senyawa kimia dari yang sederhana hingga yang kompleks. Dari ikatan tunggal, ikatan rangkap, hingga ikatan siklo bisa digambar dengan mudah menggunakan aplikasi ini.

Bagi para ilmuwan, atau pekerja laboratorium, mahasiswa, pelajar, ataupun pengajar sains saya sarankan menggunakan aplikasi ini. Bisa diekspor dalam format PDF, sehingga bisa disalin di dokumen yang lain.

selamat mencoba :)

CHEMSKETCH

Pada pembahasan kali ini akan membahas aplikasi kimia ChemSketch.Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul. 

Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch.

Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.

Cara menggambar struktur Lewis:

1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch

2             2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows

3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik pada area kerja   ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.

4.      Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi

5.      Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy

6.      Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.

7.      Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi.

8.      Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.

Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch?
Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada.

1.      Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.

2.      Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template…

3.      Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu.

4.      Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.

Terima kasih dan selamat mencoba

Chemical Calculator

Pada pembahasan kali ini saya akan membahas tutorial Chemical Calculator.

Ø  Pengantar
Aplikasi GChemCalc adalah kalkulator sederhana untuk kimia. Mem-parsing rumus kimia untuk menghitung rumus baku, berat molekul, komposisi massa dan pola isotop.

Ø  Untuk Mulai GChemCalc
 Anda dapat memulai GChemCalc dengan cara berikut:

daftar aplikasi

Pilih "Chemical kalkulator". Mungkin terdaftar baik dalam kategori Pendidikan atau Ilmu.

command line

Jenis gchemcalc [rumus], lalu tekan Kembali. [Formula] singkatan formula kimia opsional.

Ø  Ketika Anda Mulai GChemCalc
Ketika Anda mulai GChemCalc, jendela berikut akan ditampilkan:

The GChemCalc Jendela mengandung unsur-unsur berikut:

·      Menubar
Menu pada menubar berisi semua perintah yang Anda butuhkan untuk bekerja dengan GChemCalc.

·      Entri Formula
Ini adalah di mana Anda dapat mengetik rumus.

·      Hasil
Tiga baris selanjutnya memberikan formula dimasukkan sebagai diurai oleh GChemCalc, rumus baku dan berat molekul.

·      Buku catatan

Halaman pertama dari notebook memberikan analisis sebagai persen massa unsur formula saat ini. Halaman kedua menampilkan pola isotop. Halaman ini tersembunyi ketika formula kosong.

Ø  Memasuki rumus

Rumus dapat dimasukkan dari baris perintah, dari GChemPaint, atau langsung di entri rumus. Bila menggunakan entri rumus, ketik formula yang valid seperti dalam contoh berikut:

setelah memvalidasi, jika formula telah berhasil diurai, Anda mendapatkan:

Pola isotop ditampilkan pada halaman kedua notebook:

Jika terjadi kesalahan saat parsing formula, kotak pesan akan muncul dan kursor akan pindah masuk ke posisi kesalahan.

Ø  Fitur
GChemCalc mendukung kurung dan kurung untuk setiap tingkat diberikan masing-masing cocok seperti dalam contoh berikut:

Singkatan seperti "Ph" untuk substituant fenil yang didukung.
Hal ini juga berlaku untuk singkatan seperti Pr yang mungkin mewakili baik atom praseodymium atau kelompok propil. Tiga pilihan yang tersedia dalam menu Mode:

·                     kira
GChemCalc mencoba menebak jika simbol merupakan atom atau kelompok, PrCl dianalisis sebagai propil klorida, sedangkan PrCl3 adalah praseodymium klorida; Namun, metode ini mungkin gagal dalam beberapa kasus seperti PrPr3 yang tidak akan diakui sebagai trypropylpraseodymium, setidaknya dengan versi GChemCalc.

·                     atom
Simbol ambigu ditafsirkan sebagai atom.

·                     julukan
Simbol ambigu ditafsirkan sebagai kelompok. Julukan kustom dapat didefinisikan dengan menggunakan aplikasi GChemPaint.

Ø  Untuk Cetak Pola Grafik isotop
Untuk mencetak pola grafik isotop, pilih File ? Print ....
File ? Preview membuka jendela dengan preview hasil cetak.
Untuk menyempurnakan hasil cetakan, setup chooseFile ? Page ... seperti yang dijelaskan di bawah ini.
Dialog halaman setup.

Ø  Dialog halaman setup.
tab pertama dialog menyangkut kertas dan margin setup. Header dan footer tidak didukung dalam versi GChemCalc

Tab kedua memungkinkan Anda untuk memilih skala output. Dengan tidak skala atau skala 100%, output akan memiliki ukuran yang sama dalam poin sebagai ukuran dalam pixel pada layar. Jika Anda memilih skala otomatis, Anda dapat membuat output mengisi ruang yang tersedia baik horisontal, vertikal, atau keduanya (tidak ada pilihan setara dengan tidak ada skala).

Ø  Mencetak lebih dari satu halaman tidak didukung dalam versi ini GChemCalc

Ekspor Pola isotop sebagai gambar.
Untuk mengekspor pola isotop ditampilkan kepada gambar, menggunakan File? Save As Image.
Format yang tersedia adalah SVG, EPS, PS, PDF, dan format dengan dukungan menulis di GdkPixbuf.
Untuk memilih format, Anda dapat menggunakan ekstensi yang sesuai dalam nama file, atau secara eksplisit memilih format dalam kotak combo. Dengan metode pertama, jika GChemCalc tidak mengenali ekstensi, file yang diekspor akan menjadi file SVG. GChemCalc akan menambahkan ekstensi ke nama file jika diperlukan.
Anda mungkin mengubah lebar standar dan tinggi gambar diekspor dengan menggunakan entri yang sesuai.
Postscript dan file PDF juga dapat diproduksi dengan menggunakan File ? Print ... perintah.

Ø  Menyalin Pola Grafik isotop.
Untuk menyalin pola grafik isotop, pilih Edit ? Copy dan paste di aplikasi target. Grafik akan disalin dalam grafik asli Abiword dan sebagai svg atau png data ke aplikasi lain yang mendukung format tersebut.

 Selamat mencoba :)