GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:
- Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
- Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
- Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
- Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
- Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
- Pola difraksi generasi dan merencanakan.
- Animasi multi-frame file.
- Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.
Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :
Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,
Pada kolom model pilih model : editing,
Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.
Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…
Pada kolom model pilih model : editing,
Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.
Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…
Pada
aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi
kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat
dengan memilih Displaypada bagian model seperti pada gambar berikut
ini.
Klik
sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah
sesuai pilihan anda. :)
Menggunakan
Tool Measurements
Dengan
aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak
antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik
ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :
Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label
list akan
muncul nilai nilai dari pengukuran.
Tool
Animation
Dengan
tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan
ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk
gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon
Animation maka akan muncul tampilan berikut :
Klik
pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie,
pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan
anda pada jendela gambar akan terekam.
Selanjutnya
untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu
pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan
diputar..
makasihh infonya...buat nambah" pengetahuan
BalasHapusST3TELKOM